Herstellung des DNA-Ladefarbstoffs
Diese Anleitung beschreibt die Herstellung eines DNA-Ladefarbstoffs mit einer festgelegten Molarität für den Laborgebrauch.
DNA-Ladefarbstoff dient zur Verfolgung der DNA-Migration in Agarose- oder Polyacrylamidgelen.
6X DNA-Ladefarbstoff – Zusammensetzung
| Name | Formel | Konzentration | CAS |
|---|---|---|---|
| Tris-Cl (pH 7.6) | C₄H₁₁NO₃ | 10 mM | 77-86-1 |
| EDTA | C₁₀H₁₆N₂O₈ | 60 mM | 60-00-4 |
| Orange G | C₁₆H₁₀N₂Na₂O₇S₂ | 0.4% (w/v) | 1936-15-8 |
| Bromphenolblau | C₁₉H₁₀Br₄O₅S | 0.25% (w/v) | 115-39-9 |
| Xylencyanol FF | C₂₅H₂₇N₂NaO₆S₂ | 0.25% (w/v) | 2650-17-1 |
| Ficoll 400 | (C₁₂H₂₂O₁₁)n·(C₃H₅ClO)n | 15% (w/v) | 26873-85-8 |
Sterilisation und Lagerung
- Sterilisation: Nicht erforderlich.
- Lagerung: In 1 mL-Röhrchen aliquotieren; 4 °C oder −20 °C.
Hinweise
- Es gibt viele Rezepturen für DNA-Ladefarbstoff; hier wird nur ein Beispiel angegeben.
- Vor Zugabe der Farbstoffe (bis Schritt 4) kann die Lösung farblos bis gelblich und trüb erscheinen.
- Bei der Herstellung kleiner Volumina (z. B. 10 mL) vor dem Einstellen des Volumens sicherstellen, dass keine Lösungsreste an Röhrchenwand oder Deckel verbleiben.
- Ein geeignetes Gefäß verwenden und das Verfahren möglichst vollständig in einem einzigen Gefäß durchführen, da die Lösung viskos und schwer zu pipettieren ist.
- Die Farbstoffkonzentrationen können angepasst werden: Bromphenolblau und Xylencyanol FF 0.03%–0.50% (w/v); Orange G 0.15%–0.50% (w/v).
- Hohe Farbstoffkonzentrationen verbessern den visuellen Kontrast, können jedoch komigrierende DNA-Banden verdecken; niedrigere Konzentrationen verwenden, wenn komigrierende DNA-Fragmente zu erwarten sind.
- Ficoll 400 kann durch 60% (v/v) Glycerol oder 40% (w/v) Saccharose ersetzt werden; Saccharoselösungen sollten eingefroren werden.
- Ficoll-haltige Ladefarbstoffe helfen der DNA, wirksamer in die Agarose abzusinken, sind jedoch teurer.
- Dreifarbige Ladefarbstoffe zeigen die Auflösung von DNA-Fragmenten besser an, sind jedoch teurer.
Vorschau
